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Bioconductor是一个旨在开发和共享开源软件的项目，专注于生物数据分析的精确性和可重复性。该项目促进了一个包容和协作的开发者及数据科学家社区，使用R统计编程语言，每年发布两次，并拥有活跃的用户社区。

OmniPath是一个分子生物学先验知识数据库，由Saez Lab和Korcsmaros Lab开发。它整合了100多个资源的数据，包含蛋白质-蛋白质和基因调控互作、酶-PTM关系、蛋白质复合体、蛋白质注释以及细胞间通讯。OmniPath提供多种工具和接口，如R/Bioconductor包OmnipathR、Python客户端和Cytoscape插件，支持用户构建和分析信号网络。

Rfam是一个由人工策划的非编码RNA家族集合，提供序列比对、共识二级结构和预测的同源物。它由Rfam团队维护，数据可通过FTP、API和公共MySQL数据库访问，遵循CC0许可，鼓励数据的自由使用和科学共享。

BioCompute Portal是一个遵循IEEE 2791-2020标准的生物信息学分析工作流文档化平台，旨在促进研究人员、联邦机构和工业界之间的沟通。该平台提供BioCompute对象（BCOs）的创建、搜索和查看功能，支持JSON格式，并拥有开源架构存储于GitLab。BioCompute还开展试点项目，旨在标准化计算工作流的提交和审查，以提高与FDA的沟通效率。