string-db API开放平台
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更多STRING数据库是一个提供功能性蛋白关联网络的平台,专注于蛋白质-蛋白质相互作用网络和功能富集分析。它涵盖了12535个生物体、59.3百万个蛋白质和超过20亿个相互作用。用户可以通过不同方式搜索蛋白质,包括按名称、标识符、序列或通过功能富集分析提交蛋白质列表。STRING还允许用户上传物种蛋白质组,生成互动网络并预测蛋白质功能,包括基因本体术语和KEGG途径。
string-db API开放平台概述
API产品信息
STRING数据库是一个蛋白质-蛋白质相互作用网络数据库,提供预测和可视化蛋白质间功能关联的工具。
核心功能
功能模块 | 服务详情 |
---|---|
输入形式 | 支持通过蛋白质名称、序列、多个蛋白质、多个序列、生物体、蛋白质家族(COGs)等多种方式进行搜索。 |
网络视图 | 展示特定蛋白质群的预测关联网络,节点代表蛋白质,边代表预测的功能关联。 |
导航按钮 | 允许用户访问数据的不同方面,改变参数,并查看支持预测关联的不同类型证据。 |
数据设置 | 用户可以改变影响输出的参数,包括互动源选择、最小互动分数阈值等。 |
视图设置 | 调整网络视图的特定参数,如边的缩放因子、网络边的含义等。 |
使用场景
- 蛋白质功能研究:通过STRING数据库,研究人员可以探索特定蛋白质的功能关联,加速生物学研究。
- 生物信息学分析:STRING提供的网络视图和数据设置功能,使得生物信息学专家能够进行深入的蛋白质相互作用分析。
- 药物发现:通过分析蛋白质间的相互作用,药物研发人员可以识别潜在的药物靶点。
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