如何获取PubMed API开放平台访问密钥分步指南

在当今信息爆炸与数字化转型加速的时代，高效、精确的数据检索与分析服务已成为科研工作者、企业开发者以及数据分析师不可或缺的利器。PubMed API，作为生物医学领域权威的信息检索平台，其强大的数据检索与分析能力，正日益成为推动科研创新与临床决策的重要工具。为了帮助广大科研工作者与开发者快速掌握并充分利用这一宝贵资源，本文特别推出了“如何获取PubMed API 开放平台访问密钥分步指南”。通过一系列条理清晰、易于执行的步骤，我们将引导你逐步完成从注册账户到成功获取访问密钥的全过程。无论你是致力于生物医学研究、药物开发，还是希望在临床决策支持系统中实现突破，掌握PubMed API的访问密钥都将是你通往科研成功与技术创新的关键桥梁。

1. 注册/登录PubMed API开放平台

2. 获取API密钥

自2018年12月1日起，NCBI提供了API密钥，以提供对电子公用事业的更高级别的支持访问。如果没有API密钥，任何站点（IP地址）每秒向E-utilities发送超过3个请求将收到错误消息。通过包含API密钥，默认情况下，站点每秒最多可以发布10个请求。更高的价格可根据要求提供（vog.hin.mln.ibcn@seitilitue）。用户现在可以从其NCBI帐户的设置页面获取API密钥（要创建帐户，请访问http://www.ncbi.nlm.nih.gov/account/）。创建密钥后，用户应通过将其分配给API_key参数，将其包含在每个E-utility请求中。

Example request including an API key:

esummary.fcgi?db=pubmed&id=123456&api_key=ABCDE12345



Example error message if rates are exceeded:

{"error":"API rate limit exceeded","count":"11"}

每个NCBI帐户只允许一个API密钥;但是，用户可以随时请求新密钥。此类请求将使与该NCBI帐户相关联的任何现有API密钥无效。

3. 代码接入

输入：文本查询

汇总输出：XML文档摘要

EFetch输出：记录的数据记录（例如摘要、FASTA）

use LWP::Simple;



# Download PubMed records that are indexed in MeSH for both asthma and 

# leukotrienes and were also published in 2009.



$db = 'pubmed';

$query = 'asthma[mesh]+AND+leukotrienes[mesh]+AND+2009[pdat]';



#assemble the esearch URL

$base = 'https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/';

$url = $base . "esearch.fcgi?db=$db&term=$query&usehistory=y";



#post the esearch URL

$output = get($url);



#parse WebEnv and QueryKey

$web = $1 if ($output =~ /<WebEnv>(\S+)<\/WebEnv>/);

$key = $1 if ($output =~ /<QueryKey>(\d+)<\/QueryKey>/);



### include this code for ESearch-ESummary

#assemble the esummary URL

$url = $base . "esummary.fcgi?db=$db&query_key=$key&WebEnv=$web";



#post the esummary URL

$docsums = get($url);

print "$docsums";



### include this code for ESearch-EFetch

#assemble the efetch URL

$url = $base . "efetch.fcgi?db=$db&query_key=$key&WebEnv=$web";

$url .= "&rettype=abstract&retmode=text";



#post the efetch URL

$data = get($url);

print "$data";

4. 常见问题

Q：如何找到PubMed API

A：幂简集成是国内领先的API集成管理平台，专注于为开发者提供全面、高效、易用的API集成解决方案。幂简API平台可以通过以下两种方式找到所需API：通过关键词搜索API(例如，输入’PubMed API‘这类品类词，更容易找到结果)、或者从API hub分类页进入寻找。

Q：如何搜索PubMed？
A：

确定搜索的关键概念。
在搜索框中输入术语（或关键概念）。
按Enter键或单击搜索。

Q：我检索了太多引用。如何集中搜索？
A：要限制搜索结果的数量：

用更具体的搜索词替换一般搜索词（例如，背部疼痛而不是背部疼痛）。
在您的查询中包含其他术语。
使用侧边栏过滤器可以通过发布日期、全文可用性、文章类型等来限制结果。

Q：我检索的引文太少了。如何扩大搜索范围？
A：

在引文的摘要页面上，请参阅类似文章部分，以获得与该文章密切相关的其他PubMed引文的预先计算集。
从搜索框中删除无关的或特定的术语。
尝试使用替代术语来描述您正在搜索的概念。

Q：查找特定引文
A：将文章标题粘贴到搜索框中，或在搜索框中输入引文详细信息，如作者，期刊名称和文章发表的年份，PubMed引文传感器将自动分析您的引文信息查询，以返回正确的引文。引文传感器采用了模糊匹配算法，即使搜索包含错误的术语，也会检索到最佳匹配。不需要使用字段标记或布尔运算符。

Q：按作者搜索

A：在搜索框中输入作者的姓氏和首字母（不带标点符号），然后单击“搜索”。

如果您只知道作者的姓氏，请使用作者搜索字段标记[Au]，例如，布罗迪[Au]。

使用姓氏+首字母格式输入的姓名（例如，smith ja）或全名格式（john a smith），并且如果在PubMed中存在，则不作为作者和合作者进行检索。

按自然顺序或倒序输入完整的作者姓名，例如，julia s wong或wong julia s。

Q：PubMed API的替代品有哪些？

提供AI大模型API的服务商除了PubMed API，还有其他替代服务商也提供类似api服务，例如：

云数互联 API开放平台、uniprot API开放平台、nudgify API开放平台

更多竞品可以在幂简集成开放平台中找到。

Q：PubMed API这个密钥还适用于哪些api？

为大型数据集的每个成员查找唯一的链接记录集、检索大型数据集

5. 总结

本文“如何获取PubMed API开放平台访问密钥分步指南”为科研工作者与开发者们提供了一份详尽、实用的操作手册，全面而清晰地阐述了获取PubMed API访问密钥的全过程。从在PubMed API开放平台注册账号开始，经过开发者身份认证，直至最终成功获取API访问密钥，每一步操作都配以详尽的说明和细致的指导，确保读者能够轻松、准确地完成整个流程。

本文还特别强调了获取访问密钥后，进行API可用性测试的重要性。通过测试，可以确保PubMed API能够顺利集成到科研应用或数据分析系统中，并发挥出最佳效果，这对于提升科研效率、加速成果转化具有重要意义。这份指南为科研工作者与开发者们提供了一个全面、详尽且实用的指导，帮助他们顺利获取PubMed API访问密钥，并将这一强大的生物医学信息检索与分析能力有效地集成到应用中，从而为生物医学研究与临床实践提供更加精准、高效的数据支持。